Hoewel de Waterflosser over het algemeen uitstekende prestaties levert, zijn er ook enkele nadelen om rekening mee te houden. Ten eerste kan het apparaat, ondanks het ruime reservoir, voor sommige gebruikers wat onhandig zijn om vast te houden door de maat en vorm van het handvat. Vooral kleinere handen kunnen dit als minder ergonomisch ervaren bij langdurig gebruik.
Daarnaast kan het waterreservoir, hoewel ruim, lastig te verwijderen en schoon te maken zijn. Omdat het in direct contact staat met water en speeksel kan het reservoir na verloop van tijd een plek worden voor bacterien als je het niet zorgvuldig schoonhoudt. Regelmatig onderhoud is dus noodzakelijk.
Een ander punt is dat het voltage en de batterijduur niet expliciet worden aangegeven, wat voor gebruikers die veel reizen of langere tijd zonder opladen willen doen een onzekerheid vormt. Hoewel het apparaat draadloos is, kan de laadtijd relatief lang zijn, waardoor je mogelijk vooraf moet plannen wanneer je het apparaat wilt gebruiken.
Tot slot, hoewel het apparaat geschikt is voor de meeste opzetstukken, zijn er geen specifieke extra accessoires of uitbreidingsmogelijkheden beschikbaar die je makkelijk kunt aanschaffen voor bijvoorbeeld speciale behandelingen of kinderen. Dit kan als een beperking worden gezien voor gebruikers die op zoek zijn naar meer variatie en opties.