Hoewel de kraanaansluitbare waterflosser veel voordelen biedt, zijn er ook enkele beperkingen om rekening mee te houden. Een belangrijk nadeel is dat de temperatuur van het water afhankelijk is van de kraaninstelling. In de praktijk betekent dit dat je soms met te koud of juist te heet water kunt werken, wat oncomfortabel kan zijn voor gevoelige tandvleesgebieden. Een ingebouwde temperatuurregeling ontbreekt, waardoor je voor elke sessie even de juiste kraanstand moet vinden.
Daarnaast is de installatie door middel van plakstrips niet op alle ondergronden even betrouwbaar. Gladde tegels en glas werken doorgaans goed, maar op ruwere of sterk poreuze oppervlakken kan de houder minder goed hechten. Dat kan betekenen dat je alsnog moet boren of op zoek moet naar een alternatieve plek voor montage. Ook kan de constante aansluiting op de kraan praktisch zijn, maar beperkt het apparaat tot gebruik bij de gootsteen; je hebt dus minder flexibiliteit dan met draagbare, draadloze modellen.
Tenslotte is er het punt van waterverbruik en geluid. Omdat de flosser continu water gebruikt, is het verbruik hoger dan dat van een toestel met beperkt reservoir, en het geluid van de waterstraal kan als luid ervaren worden in kleine badkamers. Voor milieubewuste huishoudens en mensen die in stilte willen flossen kan dit nadelig zijn. Deze nadelen wegen niet voor iedereen even zwaar, maar zijn belangrijke overwegingen bij de aankoop.